微生物的功效要有食物吃才能体现，即有饭吃才干活。吃饭是为了提供营养物质和干活的力气，即提供能量。土地提供的营养只是无机物时，微生物干活没力气，效果不明显。 如果此时有光照，光给细菌提供能量，土地表层的光合细菌就活跃起来，它们的活动可以显示出肥料的效果。 如果田地里有丰富的有机质或在使用微生物肥时同时施入农业废弃物，施微生物肥的效果就会明显。如果在仅仅施用化肥又缺乏有机质的农田里，施用微生物肥效果就不明显。

沼渣沼液和沤肥已经过微生物的厌氧发酵，直接用于农田就可以了，不必再添加微生物肥。除非十分不透气的田块为了防止烂根，家庭养花回避臭气等情况下，在使用沼渣液和沤肥后，可以松土再施微生物肥消除上述弊端。