施用微生物肥料后微生物在植物根际大量繁殖，发挥其应有的多种功能，特别是茁壮生长的植物根部，会向土壤中分泌微生物喜欢的营养物质，微生物会增殖得更快更健壮，其功能发挥得更加强大。随着作物生长周期走向衰老，根部菌群也会减少。作物收获后带走了部分菌体，秋冬季节营养缺乏，温度下降，微生物会大量死亡，总的说来每茬庄稼收获后土壤微生物是下降的，在有机质特别丰富，并且实施秸秆还田农艺操作的田块，菌群数量会维持一段时间。大棚种植土壤在有机质丰富的情况下菌群数量维持较长，但是菌群总量是下降的。 随微生物菌剂带到田间的营养大多被植物吸収，笔者主张第二年或第二茬后继续使用微生物肥料。生长期长的作物在不同生长阶段可以使用蘸根、条施、穴施覆土，以及有针对性地在不同生长期喷施微生物菌剂。

多年生乔木或灌木在根部开沟,辐射状沟或滴水线沟、条状沟皆可，施后覆土。多年连续施用微生物肥在果园和蔬菜大棚种植中除产量增加外，都表现出品质改善和病虫害减少的趋势。在有机质高，也未有病虫害侵染的田块，第二年停用微生物肥产量并无显著差异，但品质差异较大。使用菌肥是养地的过程，越用田地土壤越好，产量品质越稳定。连续使用菌肥的效果是显著的，除非第二年不种地了，转让给其他人种，接手的人有长远打算的会连续使用微生物肥。