使用微生物肥料可以减少农田有害物质。

微生物肥料中的微生物在土壤有机质的营养下，大量增殖，新陈代谢强度大为增强，从而分解土壤中有害的化学残留。例如尿素和含尿素复合肥在制造过程中因温度控制失当，产生缩二脲，缩二脲会造成植物烧根，如果同时施用微生物肥料可以分解缩二脲。形成有利于植物生长的氮肥——氨离子。再如前茬由于除草剂使用过量，影响二茬作物生长，如果在二茬作物栽培前就大量使用微生物肥料，前茬除草剂对二茬作物的毒害作用将大为减轻。由于长期连年使用微生物肥料，残留于土壤中的化学农药也会逐年减少。许多微生物肥料中的微生物能降解有机磷农药，并使其中的有机磷转化为可溶磷肥，长期使用微生物肥料，由于微生物与有机质的共同作用吸附、钝化了土壤中的重金属，减少了植株和果实中的重金属，减少了农作物中的化学残留，减少了有害物质对人类健康的损害，提高了农产品的销售收益，也改善了农作物生产的环境。